Как определить частоту дискретизации в трехмерном массиве для многокадрового файла TIFF? - PullRequest
0 голосов
/ 24 июня 2018

У меня есть многокадровый файл TIF, в котором записывается изменение интенсивности флуоресценции нейронов с течением времени.Файл TIF имеет 80 x 60 пикселей и 2000 кадров.

Я хотел бы проанализировать частоту изменений интенсивности флуоресценции для каждого пикселя, и для этого мне нужно будет определить частоту дискретизации кадров.Прямо сейчас у меня есть 3D-массив с (x, y) координатами пикселей для каждого кадра и количеством кадров в проекции оси z.Я преобразовал многокадровый TIF-файл в трехмерный массив с помощью следующего сценария.

from PIL import Image

import numpy as np

img = Image.open('C:/Users/Desktop/demoMovie.tif')

images = []

for i in range(2000):
    try:
        img.seek(i)
        slice_ = np.zeros((80, 60))
        for j in range(slice_.shape[0]):
            for k in range(slice_.shape[1]):
                slice_[j,k] = img.getpixel((j, k))
        images.append(slice_)
    except EOFError:
        # Not enough frames in img
        break
return np.array(images)

Есть ли способ как преобразовать количество кадров (ось z) во времени, которые соответствуют частоте кадровой частоты, чтобы я мог анализировать частоту интенсивности флуоресценции для каждого пикселя?

Большое спасибо за вашу помощь.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...