При попытке это работало нормально для моего случая:
library('velox')
## Make VeloxRaster with two bands
set.seed(0)
mat1 <- matrix(rnorm(100), 10, 10)
mat2 <- matrix(rnorm(100), 10, 10)
vx <- velox(list(mat1, mat2), extent=c(0,1,0,1), res=c(0.1,0.1),
crs="+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs")
## Make SpatialPoints
library(sp)
library(rgeos)
coord <- cbind(runif(10), runif(10))
spoint <- SpatialPoints(coords=coord)
## Extract
vx$extract_points(sp=spoint)
[,1] [,2]
[1,] 0.76359346 -0.4125199
[2,] 0.35872890 0.3178857
[3,] 0.25222345 -1.1195991
[4,] 0.00837096 2.0247614
[5,] 0.77214219 -0.5922254
[6,] 0.00837096 2.0247614
[7,] 1.10096910 0.5989751
[8,] 1.15191175 -0.9558391
[9,] 0.14377148 -1.5236149
[10,] 1.27242932 0.0465803
Я думаю, вам может потребоваться переустановить пакет.