Поскольку вы не можете запускать два приложения на одном и том же порту, вам необходим обратный прокси-сервер, который может перенаправить вызов каждому приложению (3001/3002) на основе некоторой логики.
Например, что-то вроде этого
+--- host/calendar --------> node.js on localhost:3000
|
users --> nginx --|---
|
+--- host/todo ---> node.js on localhost:3001