Я бы сказал, что нет, O3D, вероятно, не убьет Flash, по крайней мере, в его текущем воплощении.
API гораздо менее полон по сравнению с широтой ActionScript 3; это все еще сторонний плагин, который должен быть установлен; и Flash - это не просто осел для воспроизведения видео.
Тем не менее, это довольно открытый вопрос.
Взгляните на проект Papervision 3, который будет использовать 3D-функциональность Flash Player 10.