Наконец, я нашел класс, вызывающий проблему, используя профилировщик (jvisualvm.exe), поставляемый с JVM:
Это не имеет ничего общего со стойками. Это был пользовательский Tomcat Valve , настроенный в файле server.xml (уровень сервера). Этот клапан был в банке в папке / lib.
# server.xml
<Valve className="com.example.ValveExample" >
Это объясняет, почему я не смог найти класс, его не было видно из пути к классам проекта.
Итак, я просто изменил исходный код клапана, чтобы он соответствовал желаемому поведению, упаковал Jar и снова поместил его в / lib.