Я обновил скрипку, вам нужно использовать 2 интерполятора. Я оставил выражения открытыми, вы можете обновить переменные позже:
https://jsfiddle.net/ibowankenobi/3ajvn16g/52/
d3.select('#g-1').datum({startAngle: angles[1].endAngle, endAngle: new_angles[1].endAngle})
.transition()
.duration(duration)
.attrTween('d', d => {
var interpolateEnd = d3.interpolate(angles[2].startAngle, new_angles[2].startAngle - 0.03);
var interpolateStart = d3.interpolate(angles[0].endAngle + 0.03, new_angles[0].endAngle);
//var interpolate = d3.interpolate(d.startAngle, d.endAngle - 0.03);
return function(t){
d.startAngle = interpolateStart(t);
d.endAngle = interpolateEnd(t);
return arc(d);
};
});