Возможно, имеется несколько ссылок на Newtonsoft.Json (например, одна из ваших сборок может также ссылаться на указанную версию).
Чтобы проверить, что вы можете использовать инструмент AsmSpy для проверки ссылок на сборки с помощьюследующая команда:
AsmSpy "Here is the path to your bin directory"
Пожалуйста, прочитайте более подробно об AsmSpy здесь: https://github.com/mikehadlow/AsmSpy
Это может помочь проанализировать, что не так с вашими ссылками