Звучит так, будто вы развертываете на ферме; ИМО, лучший способ сделать это не через GAC, а просто включить необходимые библиотеки в нужные вам проекты. Все они. Дисковое пространство дешево, и удобство использования «robocopy» (или аналогичного) для распространения на ферме очень привлекательно.
Очень редко GAC действительно требуется - например, некоторые из сценариев "обслуживаемого компонента". Для большинства других хороши пробные пути.