Я держу тесты в том же пакете, что и класс, который они тестируют. Это позволяет мне настраивать тесты, используя закрытые члены пакета (при необходимости). Это также обеспечивает хорошее, легко запоминающееся соглашение. Когда я выполняю рефакторинг, я обычно выполняю рефакторинг вручную соответствующих тестовых классов. Некоторое время назад была какая-то IDE, в которой была возможность делать этот рефакторинг автоматически, но я не могу вспомнить это на макушке.