Обычно для изменения конфигурации требуется, чтобы запросы на все расширения файлов проходили через фильтр ASP.net (вы можете проверить конфигурацию для расширения .aspx в IIS).
Однако для запросов к конкретному виртуальному каталогу, а не к определенному файлу в этом каталоге, IIS пытается проверить, что каталог существует, прежде чем проходить через запросы. Чтобы обойти это, люди обычно пишут фильтр ISAPI для перехвата запросов на каталоги или сопоставляют все запросы, заканчивающиеся, скажем, .mr, с механизмом ASP.net и корректируют свою стратегию представления URL.