Ниже сценарий работает для меня.Как описано @TilmanHausherr, метаданные создаются с метаданными PDMetadata = new PDMetadata (doc);
XMPMetadata xmp = new XMPMetadata();
XMPSchemaPDFAId pdfaid = new XMPSchemaPDFAId(xmp);
xmp.addSchema(pdfaid);
pdfaid.setConformance("B");
pdfaid.setPart(1);
pdfaid.setAbout("");
PDMetadata metadata = new PDMetadata(doc);
metadata.importXMPMetadata(xmp);