Я узнал, что Shadow DOM дерево с его элементами можно просматривать или проверять в инструментах разработчика после внесения некоторых изменений в настройки ( 'show shadow DOM' checkbox).
Есть ли способ иметь элемент в дереве, но не видимый снаружи. Я имею в виду, JS должен использовать этот элемент позже.
Элемент имеет нет визуального отображения на странице и никогда не будет иметь. Он служит контейнером DOM для некоторой информации.