Я придумал решение для моей ситуации (не уверен, что это лучшее из возможных ...).
Предположим, что настольное приложение называется MyApp. Решение содержит следующие шаги:
Добавление события после сборки в настольное приложение для копирования его вывода в каталог «MyApp» в проекте упаковки.
Включите этот каталог в проект упаковки и сделайте его копируемым как содержимое.
Чтобы сделать весь каталог содержимым, добавьте следующую ItemGroup в упаковочный файл проекта wapproj:
<ItemGroup>
<Content Include="MyApp\\**\*.*">
<CopyToOutputDirectory>PreserveNewest</CopyToOutputDirectory>
</Content>
</ItemGroup>
Это делает содержимое папки, подлежащей копированию, в выходных данных проекта упаковки. Поскольку оно имеет то же имя, что и упомянутое приложение, оно копируется в тот же выходной каталог, который создает проект упаковки для каждого ссылочного приложения. Это происходит как раз в нужное время (перед вызовом MakePri.exe), и все зависимости учитываются в процессе сборки проекта упаковки.