Вывести файл журнала в кластер

Question

Я отправляю задания на slurm/sbatch через snakemake. Я пытаюсь отправить журнал из sbatch в файл в том же дереве каталогов вывода правила.

Например, это работает:

rm -rf foo
snakemake -s test.smk --jobs 1 --cluster "sbatch --output log.txt"

но это не удается (, т. Е. состояние задания грязи НЕ УКАЗАНО), если я пытаюсь:

rm -rf foo
snakemake -s test.smk --jobs 1 --cluster "sbatch --output {output}.log"

предположительно, потому что {output} указывает на foo/bar/, который не существует. Но змейка должна была его создать, верно?

Это test.smk:

rule all:
    output:
        'foo/bar/done.txt'
    shell:
        """
        touch {output}
        """

Итак, как я могу отправлять журналы в дерево каталогов, которое еще не существует, но создано по правилу? (Я неохотно включаю код в файл змеи, который создает каталоги в ожидании).

snakemake -v
4.8.0