Я думаю, вам нужно нарисовать квадраты кисти на отдельной текстуре, изначально очищенной до прозрачной, без наложения. Затем нарисуйте всю эту текстуру с помощью смешивания.
Если вы нарисуете квадраты кисти непосредственно на виде, они будут накапливаться. После того, как вы рисуете квадрат 1, это часть изображения. Металл больше не может отличить его от всего, что уже было. Поэтому, когда вы рисуете квадрат 2, перекрывающий его, он смешается с тем, что уже есть, включая квадрат 1.