Я работаю с набором данных по экспрессии генов "GSE1824", загруженным с https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1824.
Чтобы начать обработку этих данных, я загрузил необходимые пакеты в R studio:
# load libraries
library(affy)
library(limma)
library(genefilter)
library(hgu133a.db)
library(GEOquery)
library(huex10stprobeset.db)
library(pd.huex.1.0.st.v2)
library(Biobase)
Я успешно загрузил и распаковал файлы CEL в GSE1824_RAW.tar и сохранил файлы CEL в каталоге, который я назову «GEMusicAR3 / Cel Files». Каталог содержит только следующие файлы CEL:
GSM31867_SKNMC.CEL
GSM31868_SiMa.CEL
GSM31869_CHP126.CEL
GSM31870_SHSY5Y.CEL
Я установил каталог хоста с помощью:
> getwd()
"C:/Users/xxx/Documents"
> HostDir <- getwd()
Для обработки файлов CEL я выполнил следующие команды:
setwd(HostDir)
setwd(paste0("GEMusicAR3/Cel Files",dataset,sep="")) # directory of CEL files
>abatch<-ReadAffy()
>eSet<-mas5(abatch)
background correction: mas
PM/MM correction : mas
expression values: mas
background correcting...done.
22283 ids to be processed
| |
|####################|
> log2(exprs(eSet))
Error in log2(exprs(eSet)) :
non-numeric argument to mathematical function
Я не могу выяснить причину ошибки в:
Error in log2(exprs(eSet)) :
non-numeric argument to mathematical function
Этот код до недавнего времени работал без ошибок.
При попытке обнаружить возможную причину ошибки я получил следующую информацию:
> eSet
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 22283 features, 4 samples
element names: exprs, se.exprs
protocolData
sampleNames: GSM31867_SKNMC.CEL GSM31868_SiMa.CEL GSM31869_CHP126.CEL GSM31870_SHSY5Y.CEL
varLabels: ScanDate
varMetadata: labelDescription
phenoData
sampleNames: GSM31867_SKNMC.CEL GSM31868_SiMa.CEL GSM31869_CHP126.CEL GSM31870_SHSY5Y.CEL
varLabels: sample
varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: hgu133a
> exprs(eSet)
[[1]]
eSet
> class(eSet)
[1] "ExpressionSet"
attr(,"package")
[1] "Biobase"
> str(exprs(eSet))
List of 1
$ : symbol eSet
Буду очень признателен за любую подсказку о возможной причине ошибки:
Error in log2(exprs(eSet)) :
non-numeric argument to mathematical function.
Заранее спасибо.