Я новичок в R и Limma, и я попытался проанализировать набор данных, используя руководство Limma. Пока все хорошо, но теперь я хочу включить только 3 из 5 типов ячеек, которые у меня есть, в свой набор данных в «y» и провести дальнейший анализ. Как «выбрать» или «исключить» условия / типы ячеек, которые я определил в целевом файле?
targets <- readTargets()
x <- read.ilmn(files="Einzelanalyse_nonorm_nobkgd.txt",ctrlfiles="ControlProbeProfile_nonorm_nobkgd.txt")
y <- neqc(x)
expressed <- rowSums(y$other$Detection < 0.05) >= 3
y <- y[expressed,]
plotMDS(y,labels=targets$condition)