Быстрый просмотр исходного кода показывает, что CruiseControl.NET скомпилирован с платформой «Любой процессор», поэтому он будет (и работает) на 32- или 64-битной среде выполнения.
Мой ноутбук работает с 64-битной операционной системой и не имеет проблем с сервером CruiseControl.NET или веб-панелью управления (IIS 7). Просто установите его как обычно, и все будет в порядке.
Лично я бы очень волновался, если бы это потребовало> 3 ГБ памяти:)