Вот выстрел в темноте. Ваша программа пытается прочитать или загрузить какие-либо данные, развернутые вместе с приложением в том же каталоге или подкаталоге? Если это так, есть вероятность, что вы столкнетесь со следующей проблемой.
Возможно, ваше приложение использует значение, которое зависит от архитектуры процессора, под которым оно выполняется, для поиска каталога. Возьмите, например, переменную среды ProgramFiles. На 64-битном компьютере переменная среды ProgramFiles фактически указывает на каталог «Program Files (x86)» для 32-битного приложения. Возможно, ваша программа пытается загрузить данные, подобные приведенным ниже, и выдает сбой
string root = Environment.GetVariable("ProgramFiles");
string file = Path.Combine(root, "MyAppName\DataDirectory\SomeDataFile.txt");
string data = File.ReadAllLines(file);
Последняя строка потерпит неудачу, потому что путь будет преобразован в
c: \ program files (x86) \ MyApplication \ DataDirectory \ SomeDataFile.txt
Но приложение было развернуто в Program Files. Таким образом, реальный путь будет
c: \ program files \ MyApplication \ DataDirectory \ SomeDataFile.txt