Получить имена строк, принадлежащих каждому кластеру, из кластеров heatmaply в R

Question

Я пытаюсь получить 5 списков всех элементов строки после использования heatmaply в R. Я установил k_row = 5, чтобы на дендрограмме было 5 разных цветов. Я просто хочу вернуть список из 5 списков, где каждый список содержит элементы строк в кластере. Строки - это имена, а столбцы - категории.

Answer 1

Вы можете получить кластеры непосредственно из дендрограммы тех же данных. Например:

heatmap = heatmaply(mtcars, k_row = 3,
                       dist_method = "euclidean", hclust_method ="complete")

Чтобы получить кластеры строк из одних и тех же данных:

dend <- hclust(dist(mtcars, method = "euclidean"), method = "complete")
cutree(dend, k = 3)

Команда cutree вернет назначение для каждой строки в наборе данных. Вы заметите, что они имеют тот же размер, что и те, что указаны в тепловой карте. Это та же команда, что запускает heatmaply для окрашивания кластеров.