Цвета боковой панели Heatmpaly, как правильно отобразить указанные цвета?

Question

У меня проблема, может быть ошибка в heatmaply или plotly. Цвета на боковой панели тепловой карты не отображают цвета, которые я указал. См. Пример кода ниже. В конце кода в части # 6) первый график, построенный с использованием функции plot (простой график, показывающий цвета), правильно отображает цвета (желтый и синий):

Второй график, использующий эти цвета в боковой панели карты высокой температуры (боковая панель высокой температуры с неправильным цветом):

не отображает их правильно и вместо них отображается случайный цвет. На аналогичном графике с реальными данными на боковой панели присутствуют даже красные и оранжевые цвета (на боковой панели Heatmaply отображается красный и оранжевый цвета, а цветовой диапазон - сине-желтый):

в то время как все коды генерируются с использованием синей и желтой цветовой гаммы. Любые идеи, что может вызвать эту ошибку и как отображать цвета в боковой панели в соответствии с их цветовой кодекс а?

Сравнение копенетического сходства между листьями в двух деревьях на основе полных данных и подвыборки данных

# 1 ) Generate random data to build trees
set.seed(2015-04-26)
dat <- matrix(rnorm(100), 10, 50) # Dataframe with 50 columns
datSubSample <- dat[, sample(ncol(dat), 30)] #Dataframe with 30 columns sampled from the dataframe with 50
dat_dist1 <- dist(datSubSample)
dat_dist2 <- dist(dat)
hc1 <- hclust(dat_dist1)
hc2 <- hclust(dat_dist2)

# 2) Build two dendrograms, one based on all data, second based a sample of the data (30 out of 50 columns)
dendrogram1 <- as.dendrogram(hc1)
dendrogram2 <- as.dendrogram(hc2)

# 3) For each leave in a tree get cophenetic distance matrix, 
# each column represent distance of that leave to all others in the same tree
cophDistanceMatrix1 <- as.data.frame(as.matrix(cophenetic(dendrogram1)))
cophDistanceMatrix2 <- as.data.frame(as.matrix(cophenetic(dendrogram2)))

# 4) Calculate correlation between cophenetic distance of a leave to all other leaves, between two trees
corPerLeave <- NULL # Vector to store correlations for each leave in two trees
for (leave in colnames(cophDistanceMatrix1)){
  cor <- cor(cophDistanceMatrix2[leave], cophDistanceMatrix1[leave])
  corPerLeave <- c(corPerLeave, unname(cor))
}

# 5) Convert cophenetic correlation to color to show in side bar of a heatmap
corPerLeave <- corPerLeave / max(corPerLeave) #Scale 0 to 1 correlation
byPal <- colorRampPalette(c('yellow', 'blue')) #blue yellow color palette, low correlation = yellow
colCopheneticCor <- byPal(20)[as.numeric(cut(corPerLeave, breaks =20))]

# 6) Plot heatmap with dendrogram with side bar that shows cophenetic correlation for each leave 
row_dend  <- dendrogram2
x  <- as.matrix(dat_dist2)
#### Plot belows use the same color code, normal plot works, however heatmaply shows wrong colors
plot(x = 1:length(colCopheneticCor), y = 1:length(colCopheneticCor), col = colCopheneticCor)
heatmaply(x, colD = row_dend, row_side_colors = colCopheneticCor)

Answer 1

Найдя решение, вы можете использовать функцию для цвета со сборкой heatmaply в параметре row_side_palette . Минимальный пример кода, который может быть объединен с кодом в самом вопросе, чтобы показать тепловую карту с копенетическим расстоянием для каждого отпуска / вида на боковой панели, представленной другим цветом:

ByPal <- colorRampPalette(c('red','blue')) # Bi color palette function to be used in sidebar 

heatmaply(m,colD = row_dend, file=fileName1, plot_method= "plotly",colorscale='Viridis',row_side_palette= byPal ,
                row_side_colors=data.frame("Correlation cophenetic distances" = corPerLeave, check.names=FALSE))

Одна проблема, которую я еще не решил, - как показать непрерывную цветную полосу в легенде, какие-либо предложения?