Основываясь на текущем проекте визуализации экспериментов NGS и результатах анализа функционального обогащения, я пытаюсь создать интерактивную диаграмму тепловых карт конкретных биологических процессов-названий в строках и конкретных аннотированных генов в столбцах, используя R-пакет heatmaply-значения, по сути, представляют собой кратные изменения log2, положительные или отрицательные значения, где 0 означает отсутствие корреляции / ассоциации конкретного гена с конкретным биологическим механизмом:
dd <- read.table("bim.test.trial.txt",sep="\t",header = T,row.names=1)
head(dd)
regulation.of.defense.response.to.virus
Ifng 3.332965
Il6 0.000000
Havcr2 2.436155
Lgals9 2.058915
Tlr3 0.000000
Tlr9 0.000000
regulation.of.cell.adhesion alpha.beta.T.cell.differentiation
Ifng 3.332965 3.332965
Il6 3.994865 3.994865
Havcr2 2.436155 0.000000
Lgals9 2.058915 0.000000
Tlr3 0.000000 0.000000
Tlr9 0.000000 0.000000
...
heatmaply(t(dd),
fontsize_col = 7.5,
col = cool_warm(50),
scale_fill_gradient_fun = ggplot2::scale_fill_gradient2(low = "blue", mid="white",high = "red", midpoint = 0, limits = c(-2, 2)),
main = 'Trial_test_heatmap')
# also a reproducible example:
set.seed(256)
xx2 <- matrix(rnorm(16),8,8)
range(xx2)
[1] -1.867392 1.654713
#first heatmap
heatmaply(xx2,
fontsize_col = 7.5,
col = cool_warm(50),
scale_fill_gradient_fun = ggplot2::scale_fill_gradient2(low = "blue", mid="white",high = "red", midpoint = 0, limits = c(-1, 1)), main = 'Trial_test_heatmap')
# second
heatmaply(xx2,
fontsize_col = 7.5,
col = cool_warm(50),
scale_fill_gradient_fun = ggplot2::scale_fill_gradient2(low = "blue", mid="white",high = "red", midpoint = 0, limits = c(-2, 2)), main = 'Trial_test_heatmap')
sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Greek_Greece.1253 LC_CTYPE=Greek_Greece.1253
[3] LC_MONETARY=Greek_Greece.1253 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Greek_Greece.1253
attached base packages:
[1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods
[8] base
other attached packages:
[1] heatmaply_0.15.2 viridis_0.5.1 viridisLite_0.3.0
[4] plotly_4.8.0 ggplot2_3.1.0 circlize_0.4.5
[7] ComplexHeatmap_1.20.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] httr_1.4.0 tidyr_0.8.2 jsonlite_1.6
[4] foreach_1.4.4 gtools_3.8.1 shiny_1.2.0
[7] assertthat_0.2.0 stats4_3.5.0 yaml_2.2.0
[10] robustbase_0.93-3 pillar_1.3.1 lattice_0.20-38
[13] glue_1.3.0 digest_0.6.18 promises_1.0.1
[16] RColorBrewer_1.1-2 colorspace_1.3-2 httpuv_1.4.5
[19] htmltools_0.3.6 plyr_1.8.4 pkgconfig_2.0.2
[22] GetoptLong_0.1.7 xtable_1.8-3 purrr_0.2.5
[25] mvtnorm_1.0-8 scales_1.0.0 webshot_0.5.1
[28] gdata_2.18.0 whisker_0.3-2 later_0.7.5
[31] tibble_1.4.2 withr_2.1.2 nnet_7.3-12
[34] lazyeval_0.2.1 mime_0.6 magrittr_1.5
[37] crayon_1.3.4 mclust_5.4.2 MASS_7.3-51.1
[40] gplots_3.0.1 class_7.3-14 Cairo_1.5-9
[43] tools_3.5.0 registry_0.5 data.table_1.11.8
[46] GlobalOptions_0.1.0 stringr_1.3.1 trimcluster_0.1-2.1
[49] kernlab_0.9-27 munsell_0.5.0 cluster_2.0.7-1
[52] fpc_2.1-11.1 bindrcpp_0.2.2 compiler_3.5.0
[55] caTools_1.17.1.1 rlang_0.3.0.1 iterators_1.0.10
[58] rstudioapi_0.8 rjson_0.2.20 htmlwidgets_1.3
[61] crosstalk_1.0.0 labeling_0.3 bitops_1.0-6
[64] gtable_0.2.0 codetools_0.2-15 flexmix_2.3-14
[67] TSP_1.1-6 reshape2_1.4.3 R6_2.3.0
[70] seriation_1.2-3 gridExtra_2.3 knitr_1.21
[73] prabclus_2.2-6 dplyr_0.7.8 bindr_0.1.1
[76] KernSmooth_2.23-15 dendextend_1.9.0 shape_1.4.4
[79] stringi_1.2.4 modeltools_0.2-22 Rcpp_1.0.0
[82] gclus_1.3.1 DEoptimR_1.0-8 tidyselect_0.2.5
[85] xfun_0.4 diptest_0.75-7
Однако, если вы видитемое прикрепленное снимок png-изображения, значение 0, то есть желаемая средняя точка, не отображается белым цветом в теле карты тепловыделения, и нет белого цвета, а также, поскольку множество дискретных значений равны нулю во многих генах, ониокрашен другим цветом, то есть синим, определенным в нижнем пределе в функции scale_fill_gradient2 из ggplot2-
, таким образом, есть способ решить эту проблему?и правильно указать нижний, средний и верхний пределы цветовой палитры?
Заранее спасибо
Efstathios
