Я использую heatmaply для визуализации данных выражения одной ячейки.
Я хочу использовать пользовательские цвета и назначить "желтый" для уровней экспрессии> 2, "пурпурный" для уровней экспрессии <-2. Диапазон между <code>[-2,2] должен быть представлен гладким спектром "пурпурный" - "черный" - "желтый".
Здесь мой пример файла представляет собой матрицу 10 строк x 5 столбцов:
my_palette<-PurpleAndYellow(50)
heatmaply(test,col = my_palette, dendrogram = "none")
Он выдает правильную цветовую тепловую карту "PurpleAndYellow", однако масштабируется по всему диапазону [-5, +5]
Если я укажу scale_fill_gradient_fun
, цвет тепловой карты становится спектром "RdBu" (Heatmap2):
heatmaply(ab, col = my_palette, dendroram="none",
scale_fill_gradient_fun = ggplot2::scale_fill_gradient2(
low = "magenta", mid="black",high = "yellow", midpoint = 0,
limits = c(-2, 2)))
Не могли бы вы дать мне знать, как изменить цвета и отрегулировать яркость тепловой карты с помощью heatmaply?