Я пытался использовать heatmap.2 для построения двойной дендрограммы с тепловой картой.У меня есть две готовые дендрограммы, которые я подал в Rowv = dend_row и Colv = dend_col.Проблема в том, что дендрограмма также переупорядочена.Из пакета я узнал, что в heatmap.2, если дендрограмма подается в Rowv / Colv, то она используется «как есть», то есть без переупорядочения.Поэтому я проверяю, что объекты, поданные в Rowv / Colv, уже являются дендрограммами (используя as.dendrogram), дендрограмма все еще переупорядочена.
env.hc2 <- env %>% dist(method = 'euclidean') %>%
hclust(method = 'ward.D') %>% as.dendrogram %>% ladderize %>%
color_branches(k=4)
female.hc2 <- female %>% as.dist(female) %>% hclust(method = 'com') %>%
as.dendrogram %>% ladderize %>%
color_branches(k=4)
heatmap.2(female_env_matrix,
main = paste("test"),
trace="none",
margins =c(5, 6),
col= my_palette,
breaks=col_breaks,
dendrogram ='both',
Rowv = female.hc2,
Colv = env.hc2,
key.xlab = "GY",
cexRow = 0.6,
cexCol = 0.8,
na.rm = TRUE
)
Желаемый выход:
введите описание изображения здесь
