Как извлечь матрицу из тепловой карты, созданной с помощью функции Heatmap () после иерархической кластеризации? - PullRequest
0 голосов
/ 07 марта 2019

Я хочу извлечь матрицу тепловых карт после иерархической кластеризации в файл .csv.

мой код выглядит так:

library("ComplexHeatmap")
library("dendextend")
library("circlize")

row_dend = hclust(dist(df)) # row clustering

hm <- Heatmap(df, name = "heatmapName", show_row_names = FALSE, 
              cluster_columns = FALSE, col = colorRamp2(c(-10, 10), 
              c("ivory2", "deepskyblue4")), row_names_gp = gpar(fontsize = 6.5), 
              cluster_rows = color_branches(row_dend, k = 6))

Я пытался использовать:

write.csv(hm@matrix, "fileName.csv")

Но это дает мне матрицу в точном порядке, в котором я кормил функциюна первом месте.

Спасибо за помощь!

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...