AppSettings все совместно используются функциями в приложении Function. Как упоминал Йероен в комментариях, это сделано специально.
Вы упоминаете, что каждая функция имеет очень разную конфигурацию. Следует учитывать, что если вы обнаружите, что каждая из ваших функций выполняет совершенно разные функции и, возможно, также масштабируется по-разному (например, одно обрабатывает тысячи сообщений, а другое обрабатывает несколько запросов http в месяц), может быть целесообразно разбить их на отдельные функциональные приложения, и в этом случае они получат свои собственные настройки, но я бы не рекомендовал это только для получения более детальных настроек приложений, иначе у вас будет кошмар обслуживания множества функциональных приложений.
Если у вас возникли проблемы с управлением многочисленными наборами приложений, я бы автоматизировал его с помощью конвейера CI \ CD или, как сказал Томас в комментариях, можно ли автоматизировать его с помощью шаблонов ARM при развертывании приложения функции.