Да. Ознакомьтесь с документацией об ограничении тарифов:
https://letsencrypt.org/docs/rate-limits/
Если вам нужно сделать это для тестирования, ограничение скорости API-постановки намного выше.
На самом деле, я работаю над домашней облачной системой , и мы создаем своего рода «внутреннее» облако, в котором устройства используют Greenlock и Telebit так что каждый из них имеет свой собственный сертификат и соединение, а не находится за балансировщиком нагрузки - именно то, чего мы не могли бы разумно сделать без Let's Encrypt.
Кроме того, если у вас есть приложение, в котором вы разделяете домен между многими хостами, обязательно внесите ваши общие домены в список Public Suffix List как для безопасности, так и для того, чтобы вы этого не делали пределы скорости попадания.