https:// и wss:// работают на вашем сервере в разных портах и, вероятно, работают на разных серверах. Хотя оба сервера имеют одинаковый путь к настроенным сертификатам, они обычно загружают сертификаты только при запуске или перенастройке и не загружают новые сертификаты сами по себе только потому, что новый путь находится в существующем пути.
Я предполагаю, что вы перезапустили / перенастроили сервер https://, но не сервер wss:// после установки новых сертификатов, так что первый использует новый сертификат, а второй еще обслуживает старый сертификат.
Еще одно предположение (которое оказалось правдой) заключается в том, что обе службы фактически не настроены на однозначное использование одних и тех же сертификатов, даже если вы и так. Таким образом, обновление сертификата может повлиять только на одну службу, но не на другую.