Разные степени свободы Кенварда-Роджера между ПБКРТЕСТОМ и ЭММИНСОМ - PullRequest
Новая
       15

Разные степени свободы Кенварда-Роджера между ПБКРТЕСТОМ и ЭММИНСОМ

0 голосов
/ 29 июня 2018

Переменная Days набора данных sleepstudy является числовой. Поэтому это соответствует уклону в модели M1: Reaction ~ Days + (1|Subject). Давайте проверим эффект Days, сравнив M1 с M0: Reaction ~ (1|Subject) с пакетом pbkrtest: 

library(lme4)
data("sleepstudy")
M1 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), data=sleepstudy)

library(pbkrtest)
M0 <- lmer(Reaction ~ (1 | Subject), data=sleepstudy)

тогда мы получим 161 степень свободы Кенварда-Роджера: 

> KRmodcomp(M1, M0)
F-test with Kenward-Roger approximation; computing time: 0.30 sec.
large : Reaction ~ Days + (1 | Subject)
small : Reaction ~ (1 | Subject)
       stat   ndf   ddf F.scaling   p.value    
Ftest 169.4   1.0 161.0         1 < 2.2e-16 ***

Но когда мы проверяем эффект Days с помощью emmeans, мы получаем 17 степеней свободы: 

> library(emmeans)
> emmeans(M1, ~ Days)
 Days   emmean       SE df lower.CL upper.CL
  4.5 298.5079 9.049936 17 279.4142 317.6016

Degrees-of-freedom method: kenward-roger

Разве мы не должны получить одинаковое количество степеней свободы? Почему они отличаются? Обе процедуры проверяют нулевой уклон, не так ли?

...