Вам необходимо указать имя потока для использования, как это описано в README для образа док-станции Node-RED:
$ docker run -it -p 1880:1880 -e FLOWS=my_flows.json nodered/node-red-docker
Вам также нужно будет смонтировать свой собственный каталог данных, чтобы поток сохранялся при создании новых экземпляров, опять же, это в README здесь
$ docker run -it -p 1880:1880 -v ~/.node-red:/data --name mynodered nodered/node-red-docker
поэтому объединение 2 даст вам:
$ docker run -it -p 1880:1880 -e FLOWS=my_flow.json -v ~/.node-red:/data --name mynodered nodered/node-red-docker
Вам нужно будет взять эту командную строку и отобразить ее в файл docker-compose.