РНК Сплайсинг Питон - PullRequest
Новая
       22

РНК Сплайсинг Питон

0 голосов
/ 01 ноября 2018

У меня есть последовательность гена - 

"acguccgcaagagaagccuuaauauauucaaaaagcuacgccucagauuucgcgcucgagcccaaaacaacugguguacggguugaucacaucaaaugaagucgcuaaagucggugaucucacuauccuugucuucggcuuuugcucucucggcuaucaucuaagcaggcgaguuccauggugaccggaacgacggcuacuggaguccaugaucgcaagcgucgggcugggguaaaagaggcucagcucauaauaguccgccccaccaguacgggacucgauaggccccgucguugccguagaaacgcaauuuuccucagacccacuauacgcaccucgauuuagcaugguuccgggguugcgcuuugagaaucauacguaaggaucggaaccuaggaaugcaccacagaacuuugaaauacuagaacaaguugauugacaacggaguaucggcgccccacauuuaacgaauaauugcaggcgccagacgaugcuaggugcguccguaucaagauucgaggucgcuacuggcuucgcuugccgaucgagcucagaguuugugagaguuguuacuaauugcguggucgccuaauauccuugauacuacguggguguacuagacaucccggacagaaaaucucuuaaacgcuagaguucucuuggaagcgccugcacuucuugugaacauacgaugauagccacucuaagcccaacgcacuucgcuuggcccacauugcccccagagcuuauucaucgacaggcguuccacucuuggauucaucaguaaacuuuauuauacgugguaagcgugcuuauagcugucggaaucucacuuaggcggauugaagugagacagccugaaaguaaccguguacaggcgccgucaauguguuuugagugugcaccuacaaaaaguguuauuuaggcaggggagcuuuguaguuucuuuagaagagccgcgaaugaaccaacgguagacugcgagcgcguucaaccuaau"

Я хочу соединить РНК и извлечь два списка (экзоны и интроны). Ключ в том, что интронная секция РНК начинается с gu и заканчивается ag. Однако, если ag появляется перед gu, это часть экзона, а не интрона. 

def splice(sequence):
    introns = list()
    exons = list()

    while(sequence.count("gu")):

        if "gu" not in sequence:
            break
        else:    

            exons.append(sequence[:sequence.find("gu")])
            sequence = sequence[sequence.find("gu"):]

        if "ag" not in sequence:
            break
        else:

            introns.append(sequence[:sequence.find("ag")+2])
            sequence = sequence[sequence.find("ag")+2:]

    return introns, exons

Это то, что я имею до сих пор. Это идет довольно далеко, но проблема начинается в конце, когда gu появляется без ag в оставшейся строке.

Выход: 

Exons:
['ac',
 'agaagccuuaauauauucaaaaagcuacgccucagauuucgcgcucgagcccaaaacaacug',
 'ucgcuaaa',
 'caggcga',
 'uccaugaucgcaagc',
 'aggcucagcucauaaua',
 'uacgggacucgauaggcccc',
 'aaacgcaauuuuccucagacccacuauacgcaccucgauuuagcaug',
 'aaucauac',
 'gaucggaaccuaggaaugcaccacagaacuuugaaauacuagaacaa',
 'uaucggcgccccacauuuaacgaauaauugcaggcgccagacgaugcuag',
 'auucgag',
 'cucaga',
 'a',
 'acaucccggacagaaaaucucuuaaacgcuaga',
 'cgccugcacuucuu',
 'ccacucuaagcccaacgcacuucgcuuggcccacauugcccccagagcuuauucaucgacaggc',
 'uaaacuuuauuauac',
 'c',
 'cu',
 'gcggauugaa',
 'acagccugaaa',
 'gcgcc',
 'u',
 'u',
 'gcaggggagcuuu',
 'uuucuuuagaagagccgcgaaugaaccaacg',
 'acugcgagcgc']

Introns:
['guccgcaag',
 'guguacggguugaucacaucaaaugaag',
 'gucggugaucucacuauccuugucuucggcuuuugcucucucggcuaucaucuaag',
 'guuccauggugaccggaacgacggcuacuggag',
 'gucgggcugggguaaaag',
 'guccgccccaccag',
 'gucguugccguag',
 'guuccgggguugcgcuuugag',
 'guaag',
 'guugauugacaacggag',
 'gugcguccguaucaag',
 'gucgcuacuggcuucgcuugccgaucgag',
 'guuugugag',
 'guuguuacuaauugcguggucgccuaauauccuugauacuacguggguguacuag',
 'guucucuuggaag',
 'gugaacauacgaugauag',
 'guuccacucuuggauucaucag',
 'gugguaag',
 'gugcuuauag',
 'gucggaaucucacuuag',
 'gugag',
 'guaaccguguacag',
 'gucaauguguuuugag',
 'gugcaccuacaaaaag',
 'guuauuuag',
 'guag',
 'guag']

1 Ответ

0 голосов
/ 29 марта 2019

Я исправил запрос с помощью регулярных выражений. 

def splice(gene_Sequence): 

    regex = r"gu(?:\w{0,}?)ag" 
    introns = re.findall(regex, gene_Sequence) 

    for intron in introns: 
        exon = gene_Sequence.replace(intron, "") 

    return introns, exon
...