Вы можете использовать функцию droplevels
в базе R . Пусть x будет вашим фактором / категориальной переменной:
x <- as.factor(c("cat", "dog","cat", "gator"))
x
# [1] cat dog cat gator
# Levels: cat dog gator
# somewhere in analysis you removed the only entry for a level
x <- x[x!= "gator"]
x
# [1] cat dog cat
# Levels: cat dog gator
droplevels(x)
# [1] cat dog cat
# Levels: cat dog
Подробнее см. В документации droplevels R .