Я работаю с некоторыми генетическими данными, и один из моих столбцов не в том формате, в котором я хочу его видеть. Я не знаю, сколько здесь говорится о биологии, но я пытаюсь исправить то, как мои аминокислоты отображаются в моих данных.
Аминокислоты, очевидно, имеют название, но они также имеют трехбуквенное сокращение и однобуквенное сокращение. Мои данные содержат аминокислоты в 3-буквенной форме, но я хочу заменить их на 1-буквенное сокращение. Вот пример моих данных.
chr location effect impact AA_change
1 12543 missense_variant MODERATE p.Ala12Val
1 52367 missense_variant MODERATE p.Leu54Pro
1 752347 missense_variant MODERATE p.Met99Ser
1 984645 missense_variant MODERATE p.Lys34Ile
1 989845 missense_variant MODERATE p.Arg4Cys
1 999854 missense_variant MODERATE p.His43Gly
1 999855 missense_variant MODERATE p.Glu14Phe
dat <- structure(list(chr = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), location = c(12543L,
52367L, 752347L, 984645L, 989845L, 999854L, 999855L), effect = c("missense_variant",
"missense_variant", "missense_variant", "missense_variant", "missense_variant",
"missense_variant", "missense_variant"), impact = c("MODERATE",
"MODERATE", "MODERATE", "MODERATE", "MODERATE", "MODERATE", "MODERATE"
), AA_change = c("Ala12Val", "Leu54Pro", "Met99Ser", "Lys34Ile",
"Arg4Cys", "His43Gly", "Glu14Phe")), .Names = c("chr", "location",
"effect", "impact", "AA_change"), row.names = c(NA, -7L), class = "data.frame")
Вот список трехбуквенных аминокислот и их одно из лучших сокращений.
Ala == A
Arg == R
Asn == N
Asp == D
Cys == C
Glu == E
Gln == Q
Gly == G
His == H
Ile == I
Leu == L
Lys == K
Met == M
Phe == F
Pro == P
Ser == S
Thr == T
Trp == W
Tyr == Y
Val == V
Я чувствую, что для этого есть простая функция, но я пытаюсь понять, как это сделать. Я привык менять только одну часть столбца, а не две вещи одновременно. Так что я спрашиваю, как я могу изменить это
Ala12Val
Leu54Pro
Met99Ser
Lys34Ile
Arg4Cys
His43Gly
Glu14Phe
К этому
A12V
L54P
M99S
K32I
R4C
E14F
Это что-то, что можно сделать?