Найти местоположение вирусного гена на интегрированном в вирус гене человека по частоте - PullRequest
0 голосов
/ 01 июня 2018

У меня есть ген человеческого вируса, интегрированный в вирусный фрейм, или в виде текстового файла, например:

"C""G""C""T""G""T""T""G""T""T"...

Это 50000 нуклеотидов в длину.У меня также есть фрейм данных о вирусном гене, и я нашел его стандартное отклонение и среднюю частоту ранее.Я пытаюсь найти приблизительное местоположение этого вирусного гена, разделив человеческий ген на фрагменты длиной 1000 нуклеотидов и найти местоположение по частоте и значениям стандартного отклонения, которые у меня есть.

1 Ответ

0 голосов
/ 01 июня 2018

Вы все равно можете применить тот же метод парного выравнивания в R, и это будет намного проще / точнее, чем пытаться сделать это самостоятельно по частоте и т. Д. Он по-прежнему использует некоторые из тех же принципов. Эта страница даст вам много подробных примеров того, как это сделать на R. Примерно на полпути внизу страницы находятся примеры, которые имеют непосредственное отношение к вашему вопросу.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...