R статистический пакет: упаковка объектов GOFrame - PullRequest
Новая
       36

R статистический пакет: упаковка объектов GOFrame

1 голос
/ 12 ноября 2009

Я пытаюсь сгенерировать объекты GOFrame, чтобы сгенерировать отображение генной онтологии в R для неподдерживаемых организмов (см. http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf).

Однако, следование инструкциям буквально не помогает мне. Вот код, который я выполняю (R 2.9.2 на 64-битной Ubuntu Koala) 

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

Однако, когда я пытаюсь отобразить свой фрейм данных в объект goFrame, я получаю эту ошибку 

Error: could not find function "GOFrame"

Я почти уверен, что оболочка GOFrame находится в библиотеке AnnotationDBI, поэтому я озадачен. Любая помощь приветствуется: -)

Ответы [ 2 ]

2 голосов
/ 12 ноября 2009

Я думаю, что это ваша версия R Описано, что упаковка GOFrame поддерживается в биокондукторе AnnotationDBI только с момента последнего выпуска.

Я только что попробовал, и он работает с R 2.10.0

Наслаждайтесь!

1 голос
/ 12 ноября 2009

В соответствии с описанием пакета пакет Go.db предлагается, а не зависит. Следовательно, простой 

 library(GO.db)

кажется, что вам нужно сделать.

...