Я пытаюсь использовать пакет inSilicoMerging для объединения двух ExpressionSet. Однако я обнаружил, что этот пакет бесполезен, когда имена компонентов двух наборов данных не согласованы. У вас есть идеи для этой проблемы?
> GSE65682=getGEO('GSE65682',destdir = '/Users/zhang/Documents/2020/GEOsepsis/Data',
AnnotGPL = T,GSEMatrix = T)
> if (length(GSE65682) > 1) idx <- grep("GPL13667", attr(GSE65682, "names")) else idx <- 1
> GSE65682 <- GSE65682[[idx]]
> GSE54514 <- getGEO("GSE54514",
destdir = '/Users/zhang/Documents/2020/GEOsepsis/Data',
AnnotGPL = T,GSEMatrix = T)
> if (length(GSE54514) > 1) idx <- grep("GPL13667", attr(GSE54514, "names")) else idx <- 1
> GSE54514 <- GSE54514[[idx]]
> library(inSilicoMerging)
> linker <- list(GSE65682,GSE54514)
> eset_NONE <- inSilicoMerging::merge(linker,method = "NONE")
INSILICOMERGING: Run with no additional merging technique...
INSILICOMERGING: ! WARNING ! Number of common genes < 1%
Error in .validate_assayDataElementReplace(obj, value) :
object and replacement value have different dimensions
Два набора данных имеют разные названия функций:
> featureNames(GSE65682)[1:5]
[1] "11715103_x_at" "11715110_at" "11715111_s_at" "11715113_x_at"
[5] "11715114_x_at"
> featureNames(GSE54514)[1:5]
[1] "ILMN_1343291" "ILMN_1343295" "ILMN_1651209" "ILMN_1651221"
[5] "ILMN_1651228"