Чтобы применить изменения в реестре для включения и отключения прокси в Internet Explorer из командной строки у вас есть два пути.
Первый путь :
1- Запустить командную строку от имени администратора
2- Завершите работу Internet Explorer до того, как изменит реестр.
Taskkill /F /IM iexplore.exe
3 - изменить включение или отключение прокси из реестра, как вы сделали в своем вопросе.
второй способ :
1- Запустите командную строку от имени администратора
2- Измените включение / отключение прокси, как вы сделали в своем вопросе
3- Завершить Windows Explorer , а затем снова открыть после изменения реестра уже
taskkill /F /IM explorer.exe && start /w /b explorer.exe