Я работаю с 3 основными наборами данных: набор количественных данных сообщества (виды [41] х участок [304], численность), набор данных признаков (виды [41] х признаки [9]) и филогенетическое древо для всех видов (класс phylo с доступными длинами ветвей [edge.length]).
Я пытаюсь выяснить, имеется ли филогенетический сигнал в данных признака, чтобы понять, в какой степени филогения способна предсказать функциональное сходство у видов.
Я использую функцию phylosignal пакета picante. Эта функция вычисляет статистику K филогенетического сигнала, а также P-значение на основе дисперсии филогенетически независимых контрастов относительно рандомизации перетасовки кончиков.
phylosignal(u.MBL, MyTree, reps=999, checkdata = FALSE)
u.MB L - вектор, содержащий значения средней длины тела особей кладоцерана и MyTree филогенетическое дерево (phylo объект) того же вида и в том же порядке. Когда я выполняю это, я получаю следующую ошибку:
#Error in Initialize.corSymm(X[[i]], ...) :
initial values for "corSymm" must be between -1 and 1
Я не понимаю смысла этой ошибки. Любые предложения о том, как я могу решить эту проблему?