Ошибка загрузки пакета при запуске рендера из терминала: Вызовы: <Anonymous>... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> library - PullRequest
Новая
       12

Ошибка загрузки пакета при запуске рендера из терминала: Вызовы: <Anonymous>... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> library

0 голосов
/ 11 января 2019

Я пытаюсь связать / отобразить документ Rmd из командной строки Это работает, когда я вяжу в rstudio, но когда я запускаю в командной строке, возникает проблема загрузки ggplot.

Я пробовал другие пакеты, и они нормально загружаются. Я установил и удалил ggplot2 без изменений.

это команда: 

Rscript -e 'rmarkdown::render(input="troubleshootRMD.Rmd", output_file="testrmdout.html")'

это Rmd doc: 

    intro text

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r echo=FALSE}
library(dplyr)
library(ggplot2)
print("I am a test")
```

это сообщение об ошибке:

Ошибка в библиотеке (ggplot2): нет пакета с именем 'ggplot2' Вызовы: ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> library

В конечном итоге я планирую запустить это в другом R-скрипте "knit.R", который будет выполнять рендеринг уценки со списком параметров, потому что я хочу создать параметризованный отчет ... опять же, этот сценарий работает, когда скрипт knit.R запускается в rstudio.

Есть идеи?

...