Я только что выполнил большую часть сценария, который вы описали в экземпляре Kentico 11 в службе приложений Azure. Я использовал Kudo для просмотра файловой системы, и файлы, безусловно, созданы, как описано в документации. Вместо того, чтобы подключаться через Visual Studio, попробуйте использовать стандартный FTP-клиент, чтобы увидеть, находятся ли файлы там, где они вам нужны.
Как я уже говорил в комментарии, если ваше решение использует веб-приложение, а не проект веб-сайта, вам нужно будет вручную добавить существующие файлы в проект, как @shof говорит в своем ответе.