Оценка сегментации после прореживания границы не работает

Question

В настоящее время я работаю над проектом сегментации изображений с данными задачи сегментации ISBI-2012. Я пытаюсь запустить скрипт BeanShell по этой ссылке: https://imagej.net/Segmentation_evaluation_after_border_thinning_-_Script

на моих собственных предсказанных изображениях сегментации. Тем не менее, я не могу воспроизвести результаты с моими изображениями.

предсказанное изображение

изображение истинной земли

и я получаю это в результате. Я понимаю, что сгенерированные метки ячеек должны быть в определенном формате, как описано на сайте ISBI-2012:

Ожидается, что результаты будут представлены в виде 32-битного изображения TIFF 3D, значения которого находятся в диапазоне от 0 (100% -ная мембранная достоверность) до 1 (100% -ная немембранная достоверность).

Однако у меня возникли проблемы с пониманием того, как именно сохранить мои изображения в этом формате. Есть ли способ исправить эту проблему?

Answer 1

Вам действительно нужно преобразовать ваше изображение в 32-битное и сделать так, чтобы значения лежали в диапазоне [0,0 1,0].

Вы можете сделать это в сценарии, просто добавив две строки после строки 59:

IJ.run( proposedLabels, "32-bit", "" );
IJ.run( proposedLabels, "Enhance Contrast...", "saturated=0.3 normalize process_all");

Хотя изображение истинной земли должно быть двоичным.