Ваш вопрос немного неясен, но я думаю, что у меня могла быть похожая проблема в прошлом.
Вы пытались установить SKPhysicsBody (узла, который вы хотите удалить после столкновения) в ноль? Если это первое, что вы делаете после коллизии, она не регистрирует другие коллизии и выполняет только тот код, который вы настроили, один раз.