Предупреждение H2o Rd: «Отсутствует ссылка на файл»

Question

При загрузке H2o.ai из R на моем Linux я получаю несколько предупреждений об отсутствии файла, например: Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.abs.Rd:32: missing file link 'abs'

Я использую стандартный код установки для H2o: install.packages("h2o", type="source", repos="http://h2o-release.s3.amazonaws.com/h2o/rel-xu/1/R")

Вот вывод с предупреждениями: `h2o.abs html
Предупреждение Rd: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.abs.Rd:32: отсутствует ссылка на файл "abs" h2o.acos html
Предупреждение Rd: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.acos.Rd:24: отсутствует ссылка на файл "acos"

    h2o.ascharacter                         html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.ascharacter.Rd:16: missing file link ‘as.character’
    h2o.asfactor                            html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.asfactor.Rd:16: missing file link ‘as.factor’
    h2o.asnumeric                           html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.asnumeric.Rd:16: missing file link ‘as.numeric’

    h2o.ceiling                             html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.ceiling.Rd:18: missing file link ‘ceiling’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.cos.Rd:16: missing file link ‘cos’
    h2o.cosh                                html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.cosh.Rd:16: missing file link ‘cosh’
    h2o.coxph                               html  
    h2o.createFrame                         html  
    h2o.cross_validation_fold_assignment    html  
    h2o.cross_validation_holdout_predictions
                                            html  
    h2o.cross_validation_models             html  
    h2o.cross_validation_predictions        html  
    h2o.cummax                              html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.cummax.Rd:18: missing file link ‘cummax’
    h2o.cummin                              html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.cummin.Rd:18: missing file link ‘cummin’
    h2o.cumprod                             html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.cumprod.Rd:18: missing file link ‘cumprod’
    h2o.exp                                 html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.exp.Rd:16: missing file link ‘exp’

    h2o.floor                               html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.floor.Rd:18: missing file link ‘floor’

    h2o.ischaracter                         html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.ischaracter.Rd:16: missing file link ‘is.character’
    h2o.isfactor                            html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.isfactor.Rd:16: missing file link ‘is.factor’
    h2o.isnumeric                           html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.isnumeric.Rd:16: missing file link ‘is.numeric’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.log.Rd:16: missing file link ‘log’
    h2o.log10                               html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.log10.Rd:16: missing file link ‘log10’
    h2o.log1p                               html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.log1p.Rd:16: missing file link ‘log1p’
    h2o.log2                                html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.log2.Rd:16: missing file link ‘log2’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.max.Rd:18: missing file link ‘max’
    h2o.mean                                html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.mean.Rd:46: missing file link ‘rowMeans’
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.mean.Rd:46: missing file link ‘colMeans’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.min.Rd:18: missing file link ‘min’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.ncol.Rd:16: missing file link ‘ncol’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.rbind.Rd:32: missing file link ‘rbind’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.round.Rd:21: missing file link ‘round’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.signif.Rd:21: missing file link ‘signif’
    h2o.sin                                 html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.sin.Rd:16: missing file link ‘sin’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.sqrt.Rd:16: missing file link ‘sqrt’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.tan.Rd:16: missing file link ‘tan’
    h2o.tanh                                html  
Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.tanh.Rd:16: missing file link ‘tanh’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.trunc.Rd:17: missing file link ‘trunc’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.var.Rd:36: missing file link ‘var’

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.which_max.Rd:29: missing file link ‘which.max’

 building package indices
 testing if installed package can be loaded
 DONE (h2o)

Я считаю, что эта проблема вызывает ошибку в нисходящем направлении при использовании automl, Error: DistributedException from localhost/127.0.0.1:54321: 'Categorical value out of bounds

Answer 1

Можете ли вы рассказать больше о системе, которую вы используете, и версии R? Я не могу воспроизвести это на Ubuntu 16.04.5, используя R 3.4.4. Я попытался установить точно так же, как вы, а также просто установив последнюю версию из CRAN (обе версии 3.22.0.1).

> install.packages("h2o")
Installing package into '/home/ledell/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'
(as 'lib' is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/h2o_3.22.1.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 432390 bytes (422 KB)
==================================================
downloaded 422 KB

* installing *source* package 'h2o' ...
** package 'h2o' successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
Performing one-time download of h2o.jar from
     http://s3.amazonaws.com/h2o-release/h2o/rel-xu/1/Rjar/h2o.jar
(This could take a few minutes, please be patient...)
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (h2o)

The downloaded source packages are in
    '/tmp/RtmpGwtVRB/downloaded_packages'


> install.packages("h2o", type="source", repos="http://h2o-release.s3.amazonaws.com/h2o/rel-xu/1/R")
Installing package into '/home/ledell/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'
(as 'lib' is unspecified)
trying URL 'http://h2o-release.s3.amazonaws.com/h2o/rel-xu/1/R/src/contrib/h2o_3.22.1.1.tar.gz'
Content type 'application/x-tar' length 120971891 bytes (115.4 MB)
==================================================
downloaded 115.4 MB

* installing *source* package 'h2o' ...
** R
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (h2o)

The downloaded source packages are in
    '/tmp/RtmpGwtVRB/downloaded_packages'

Ошибка в нисходящем направлении не связана. Если вы можете опубликовать код, который вы используете, как отдельный вопрос с воспроизводимым кодом, мы можем попытаться разобраться в этом.

Answer 2

Это ошибки в пакете, но не очень серьезные. Например, первый, который вы перечислите

Rd warning: /tmp/RtmpdpaSKI/R.INSTALL1d3a6ccc7d9b/h2o/man/h2o.ascharacter.Rd:16: missing file link ‘as.character’

происходит потому, что этот файл справки содержит ссылку \link[base]{as.character}, которая не существует. Это должно быть \link[base]{character} или \link[base:character]{as.character}, поскольку ссылки на другие пакеты относятся к имени страницы справки, а не к псевдониму темы. Если вы попросите о помощи, используя ?h2o.ascharacter, вы можете найти ссылку на странице справки на as.character, которая не работает. (Обычно такие ссылки работают, потому что динамическая справочная система R понимает, что имел в виду автор, но в некоторых установках используется статическая справочная система с предварительно созданными .html файлами, где ссылки не будут работать.)

Правила для ссылок между пакетами в справочной системе довольно причудливы, и похоже, что h2o авторы их не изучали (или не заботились о статической справке).

Я не знаю, верно ли ваше предположение об ошибке в нисходящем направлении.