glmmTMB несколько уровней иерархии для случайных эффектов - PullRequest
0 голосов
/ 05 сентября 2018

Можно ли получить вектор параметров случайных эффектов (т. Е. Слагаемых дисперсии), используя glmmTMB, предполагая несколько уровней иерархии? Например, меня интересует получение дисперсии для каждой страты в каждом году (вектор дисперсий длины # страты х # лет = 25 в этом MWE). Тогда в каждом году и слоях станции будут случайными выборками из нормального распределения со средним 0 и оцененным параметром дисперсии. Я предоставил модель, которая не делает то, что я хочу, но, возможно, логически похожа?

Идея будет такой: station_ {stratum, year} ~ N (0, sigma ^ 2_ {stratum, year})

Создать некоторые данные

require(glmmTMB)

strata <- letters[1:5]
stations <- 1:60
years <- 2010:2014
count <- rnbinom(300,mu=20,size=1.2)

dat <- data.frame("Year"=rep(years, each=60),
              "Strata"=rep(rep(strata,each=12),times=5),
              "Stations"=rep(stations,times=5),
              "Count"=count)

dat[, c("Year","Stations")] <- lapply(dat[, c("Year","Stations")], 
  as.factor)

Подходят для модели

fit_pois <- glmmTMB(Count ~ (1|Year/Stratum/Station),
          data=dat,
          family=poisson)    
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...