У меня есть скрипт, который сначала генерирует несколько файлов с последовательностями днк, а затем перебирает их и вычисляет выравнивание нескольких последовательностей, используя tcoffee.
Этот скрипт запускается с веб-сайта, используя php с shell_exec
Я получаю ошибку:
generateSequences.sh: line 29: 8736 Segmentation fault (core dumped) t_coffee -seq $file -n_core 4
Однако, когда я вхожу в пользовательские www-данные и запускаю скрипт с той же самой командой, он выполняется просто отлично.
В обоих случаях я запускал скрипт как
bash generateSequences.sh <options>
Я предполагаю, что есть какая-то конфигурация apache, которую я должен изменить, но я не знаю, какая именно.
Часть генерации последовательности работает даже при запуске с веб-сайта, только вызов t_coffee внутри скрипта приводит к ошибке.
Я уже установил memory_limit на 20 ГБ
Спасибо за вашу помощь