Мне удалось улучшить время до значения ниже одной секунды благодаря тому, что почти вся матрица состоит из нулей путем изменения строки
for index2,variable in enumerate(inequality):
до
for index2,variable in [(index2,variable) for index2,variable in enumerate(inequality) if variable!=0]:
, так как нужно выполнить только малую часть операций. Я все еще был бы заинтересован в более чистом способе добавления этих ограничений к моей модели