Аргумент col.mean
делает работу. Если вы хотите удалить средние точки на графике, решение должно установить col.mean = NA
:
partimat(Species ~ Sepal.Length + Petal.Length, data = iris,
method = "lda", gs = NA, col.mean = NA)
Другой вариант - установить пользовательский набор цветов. Длина этого набора цветов должна быть равна номерам классов:
partimat(Species ~ Sepal.Length + Petal.Length, data = iris,
method = "lda", gs = NA, col.mean = c("darkblue", "forestgreen", "darkred"))