Как запустить команды qiime2, установленные в миниконде из виртуальной среды python 3.6 - PullRequest
Новая
       24

Как запустить команды qiime2, установленные в миниконде из виртуальной среды python 3.6

0 голосов
/ 17 января 2019

У меня есть приложение фляги, работающее в виртуальной среде Python 3.6, и мне нужно запустить команды qiime2 из этого приложения. qiime2 устанавливается внутри виртуальной среды Miniconda. В моем Ubuntu есть Python 3.6 в / usr / bin, но "which python" возвращает: / home / **** / miniconda3 / bin / python, который имеет версию 3.7.1

Я использовал «subprocess.run» для запуска команд qiime2. Но некоторые команды (например, demux, quality-filter) работают, а некоторые (например, deblur) выдают следующую ошибку:

[Errno 2] Нет такого файла или каталога: 'deblur'

Мой subprocess.call, как показано ниже: 

qiime_runner = '/home/***/miniconda3/envs/qiime2-2018.11/bin/qiime'
cmd = qiime_runner + " " + command_with_args
p = subprocess.run(cmd, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, shell=True)

Я также попытался вручную активировать среду conda, как показано ниже: 

cmd = '/home/****/miniconda3/bin/activate;' + cmd

Но все равно это не работает. Если я запускаю команду из терминала в среде qiime2 conda, она работает.

Мы должны запустить колбу в среде Python.

Может кто-нибудь помочь мне с некоторыми идеями?

С уважением,

...