ОШИБКА, ВЫПУЩЕННАЯ В ШАГЕ: Назначьте таксономию - PullRequest
Новая
       18

ОШИБКА, ВЫПУЩЕННАЯ В ШАГЕ: Назначьте таксономию

0 голосов
/ 19 апреля 2020

Я установил QIIME и перехожу '' 454 Обзор Учебное пособие: сбор и анализ разнесения OTU de novo с использованием данных 454 '', пытаясь применить каждый шаг с использованием данных, представленных на веб-сайте QIIME.

I обнаружена ошибка при попытке выполнить раздел '' Выбор комплекта OTU '' с использованием pick_de_novo_otus.py. Я также посмотрел свой каталог и заметил, что файл, содержащий Таксономи c Назначение, не был создан.

Извините, я новичок ie в Qiime.

Я поставил ошибка здесь: 

*** ERROR RAISED DURING STEP: Assign taxonomy
Command run was:
 assign_taxonomy.py -o otus/uclust_assigned_taxonomy -i otus/rep_set//seqs_rep_set.fasta 
Command returned exit status: 1
Stdout:

Stderr
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/assign_taxonomy.py", line 417, in <module>
    main()
  File "/usr/local/bin/assign_taxonomy.py", line 394, in main
    log_path=log_path)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/qiime/assign_taxonomy.py", line 1304, in __call__
    '--uc': uc_path})
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/burrito/util.py", line 285, in __call__
    'StdErr:\n%s\n' % open(errfile).read())
burrito.util.ApplicationError: Unacceptable application exit status: 137
Command:
cd "/home/qiime/Desktop/Shared_Folder/qiime.test/qiime_overview_tutorial/qiime_overview_tutorial/"; uclust --input "otus/rep_set//seqs_rep_set.fasta" --id 0.9 --rev --maxaccepts 3 --allhits --libonly --lib "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/qiime_default_reference/gg_13_8_otus/rep_set/97_otus.fasta" --uc "/tmp/UclustConsensusTaxonAssigner_cMu0Nu.uc" > "/tmp/tmpfWS3U6RPDm0Z5CKmrO5H.txt" 2> "/tmp/tmpCfMFbVlUCl4yrDMN3uPc.txt"
StdOut:
...