Данные медицинской визуализации - как конвертировать .raw / mhd в Nifti / nii

Question

Есть ли способ в Python или любом другом языке преобразовать данные изображения .raw / mhd в Nifti / nii?

Я могу загрузить файл .raw / mhd в python через SimpleITK, как в этом посте: Чтение * .mhd / *. Raw формат в python

import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')

У меня проблемы с экспортом в формате nii с правильными размерами ... в идеале, я бы использовал информацию заголовка в исходном файле mhd ...

Спасибо

Answer 1

Вы должны иметь возможность просто обойтись с SimpleITK.Вы должны сделать что-то вроде этого:

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("input.mhd")
sitk.WriteImage("output.nii")

Если у вас нет SimpleITK в Python, установите его следующим образом: pip install SimpleITK

SimpleITK делает все возможное, чтобы сохранить всю информацию заголовкахотя это не идеально.Надеемся, что размеры вокселей будут сохранены.